Wskaźniki kluczowe wchodzące w skład MMI to: Uśredniony Wskaźnik Jakości Wód (ASPT-PL) – iloraz wskaźnika BMWP-PL, czyli sumy punktów przypisanych rodzinom bezkręgowców bentosowych i liczby punktowanych rodzin Wskaźnik Log10(Sel_EPTD +1) – logarytm dziesiętny sumy osobników z następujących rodzin jętek (Ephemeroptera), widelnic (Plecoptera), chruścików (Trichoptera) i muchówek (Diptera): Heptageniidae, Ephemeridae, Leptophlebiidae, Brachycentridae, Goeridae, Polycentropodidae, Limnephilidae, Odontoceridae, Dolichopodidae, Stratiomyidae, Dixidae, Empididae, Athericidae, Nemouridae powiększonej o 1 Wskaźnik 1–GOLD – różnica 1 i frekwencji ślimaków (Gastropoda), skąposzczetów (Oligochaeta) i muchówek (Diptera) Liczba stwierdzonych taksonów (rodzin) (S) Wskaźnik EPT – liczba rodzin jętek (E), widelnic (P) i chruścików (T) Wskaźnik Shannona-Wienera (H') – wskaźnik różnorodności biologicznej
W celu odrzucenia wartości skrajnych, do obliczenia MMI używa się normalizacji, przez co znormalizowany wskaźnik (określany jako ICMi) może osiągać wartości od nieco poniżej 0 do nieco powyżej 1. Gdy ICMi jest niższe od 0, odpowiada mu MMI=0, gdy wyższe od 1, MMI=1.