Po studiach podjął pracę w służbie cywilnej. Był sekretarzem osobistym wojewodów wileńskich Władysława Raczkiewicza (1926–1931), Zygmunta Beczkowicza (1931–1933) i Władysława Jaszczołta (1933–1935), następnie wicewojewodą, wicestarostą wileńsko-trockim i kierownikiem powiatowego Referatu Bezpieczeństwa Publicznego, wreszcie od 1937 starostą brasławskim.
W 1934 roku pozostawał w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Wilno-Miasto z przydziałem mobilizacyjnym do kadry 2 Dywizjonu Samochodowego w Lublinie.
Po agresji ZSRR na Polskę we wrześniu 1939 wydostał się przez Łotwę, Szwecję, Norwegię i Anglię do Francji, gdzie wstąpił do Wojska Polskiego tworzonego w obozie pod Awinionem. Walczył w szeregach 10 Brygady Kawalerii Pancernej gen. Stanisława Maczka i został odznaczony Krzyżem Walecznych za kampanię francuską 1940. W latach 1944–1945 przeszedł z 1 Dywizją Pancerną cały szlak bojowy od lądowania w Arromanches-les-Bains w Normandii do zajęcia Wilhelmshaven. Porucznik Bohdan Wendorff pełnił służbę oficera pionu kwatermistrzowskiego na stanowisku dowódcy plutonu techniczno-gospodarczego w szwadronie sztabowym Kwatery Głównej 10 Brygady Kawalerii Pancernej.