Był także pomysłodawcą narodowej flagi – ikurriny, na której kolor czerwony symbolizuje prowincję Biskaja, biały krzyż to oddanie wierze katolickiej, a zielony krzyż (zwany krzyżem św. Andrzeja) ma przypominać drzewo z Gerniki. Szczególny nacisk kładł on na konieczność zachowania i rozwoju języka – euskery.
Do 1898 r. działalność PNV miała bardzo ograniczony charakter. Partia liczyła niewielu członków i funkcjonowała w warunkach pół-tajności. Przystąpienie grupy euskalerriacos Ramona Soty do PNV oraz poparcie finansowe i propagandowe udzielone Aranie przez tygodnik Euskalduna zaowocowały pierwszymi sukcesami wyborczymi (Arana został deputowanym prowincji Biskaja w Bilbao) i PNV zaczęła nabierać znaczenia na baskijskiej scenie politycznej.
Filozofia Sabino Arany wraz z biegiem czasu uległa zmianie. W końcowym etapie swojego życia odszedł od dążeń niepodległościowych na rzecz autonomii. Zmarł podczas pobytu w więzieniu 25 listopada 1903 r. w wieku 38 lat. PNV po śmierci swojego przywódcy rozwijała dalej swoje struktury, jednak poprzez zmieniający się program stała na skraju rozłamu. Połowa członków uważała, że dalej należy dążyć do uzyskania niepodległości, reszta była zdania, iż lepszym wyjściem byłoby utworzenie autonomii. Dzięki kompromisowi ostatecznie nie doszło do rozłamu w PNV. W 1906 r.