Był to także początek spadku znaczenia państwa.
Po niemalże czterech wiekach panowania rodzimej dynastii, w roku 1200, w wyniku niepokojów wewnętrznych prowincje Gipuzkoa, Araba i Biskaja oderwały się od Królestwa Nawarry i zostały włączone do Królestwa Kastylii, jednak monarcha kastylijski musiał przysiąc, że będzie przestrzegał Statutów Nawarry (tzw. fueros), a władza będzie sprawowana przez wicekróla. Baskowie mieli podlegać nie królowi Kastylii, lecz lokalnym zgromadzeniom. Porozumienie to rozciągało się na wszystkie cztery jednostki terytorialne – Arabę, Gipuzkoę, Biskaję i Nawarrę i było ratyfikowane przez kolejnych monarchów hiszpańskich. Pomimo włączenia do wielkiego organizmu państwowego, terytoria zamieszkane przez Basków charakteryzowała polityczna odrębność. Wybitni Baskowie byli wybitnymi Hiszpanami: ministrami Korony, wojownikami, konkwistadorami w Nowym Świecie, administratorami, misjonarzami.