miejsce zajął miejsce MSV Duisburg * Drużyny, które awansowały z 3. Ligi 2012/13: Karlsruher SC Karlsruhe 1. miejsce Arminia Bielefeld Bielefeld 2. miejsce * MSV Duisburg (11. miejsce) nie otrzymał licencji na grę w 2. Bundeslidze i w sezonie 2013/14 będzie występował w 3. Lidze, w związku z tym, w 2. Bundeslidze utrzymał się SV Sandhausen jako najwyżej sklasyfikowany spadkowicz.
Tabela Poz.KlubMPkt.MeczeBramkizwy.rem.por.zdob.stra.11. FC Köln 34 68 19 11 4 53 202SC Paderborn 07 34 62 18 8 8 63 483SpVgg Greuther Fürth 34 60 17 9 8 64 3841. FC Kaiserslautern 34 54 15 9 10 55 395Karlsruher SC 34 50 12 14 8 47 346Fortuna Düsseldorf 34 50 13 11 10 45 447TSV 1860 Monachium 34 48 13 9 12 38 418FC St. Pauli 34 48 13 9 12 44 4991. FC Union Berlin 34 44 11 11 12 48 4710FC Ingolstadt 04 34 44 11 11 12 34 3311VfR Aalen 34 44 11 11 12 36 3912SV Sandhausen 34 44 12 8 14 29 3513FSV Frankfurt 34 41 11 8 15 46 5114FC Erzgebirge Aue 34 41 11 8 15 42 5415VfL Bochum 34 40 11 7 16 30 4316Arminia Bielefeld 34 35 9 8 17 40 5817Dynamo Dresden 34 32 5 17 12 36 5318Energie Cottbus 34 25 6 7 21 35 59Legenda:awans do Bundesligibaraże o awans do Bundesligi baraże o pozostanie w 2. Bundeslidzespadek do 3. Ligi źródło: 1. FC Köln i SC Paderborn 07 awansowały do Bundesligi 2014/15. SpVgg Greuther Fürth przegrał swoje mecze barażowe i pozostał w 2.