Podczas okupacji nauczyciele ze szkoły prowadzili tajne nauczanie, co umożliwiało uczniom przystąpienie do tajnego egzaminu maturalnego i dalszego studiowania na tajnych wyższych uczelniach. Niektórzy uczniowie liceum brali udział w kampanii wrześniowej, działali w strukturach Armii Krajowej, uczestniczyli w walkach pruszkowskiego plutonu „Orlik” oraz w powstaniu warszawskim.
Zimą 1945 roku tuż po opuszczeniu Pruszkowa przez Niemców, liceum wznowiło działalność. Budynek przy ul. Klonowej został odremontowany siłami uczniów i rodziców. W latach 50. działały w szkole liczne organizacje młodzieżowe, takie jak Szkolne Koło Odbudowy Warszawy, Szkolne Koło PCK, Samorząd Szkolny. Reaktywowano drużynę harcerską, działały koło humanistyczne i turystyczne oraz wychodziła szkolna gazetka „Krok Naprzód”. Sukcesy osiągały sekcje sportowe: lekkoatletyczna, koszykarska oraz siatkarska.
W 1961 w 40-lecie istnienia liceum powstała pierwsza propozycja powołania stowarzyszenia wychowanków gimnazjum i liceum. W roku 1966/67 ponownie w związku z reformą oświaty zlikwidowano gimnazjum oraz wprowadzono liceum 4-letnie.
W latach 70. uczniowie szkoły odnosili ogólnopolskie sukcesy lekkoatletyczne i koszykarskie.