Istniały też dwuletnie studia filozoficzne dla świeckich studentów. W pierwszym roku uczono logiki, a w drugim fizyki i metafizyki. Po kasacie zakonu budynki kolegium zajęte zostały na magazyny wojskowe i koszary. Obecnie z dawnych zabudowań pozostało jedno skrzydło mieszczące parafię.
W 1937 ufundowano tablicę upamiętniającą ks. Piotra Skargę do wmurowania w budynku kolegium.
Rektorzy kolegium Szymon Fridelius (1573–1575) Jan Frycz (1575–1578) Stanisław Herbert (1578–1590) Piotr Fabrycy (1590–1593) Leonard Krakier (1593–1595) Jerzy Budzicki (1595–1596) Jan Pinecius (1596–1602) Krzysztof Angelus (1602–1605) Szymon Dolescius (1605–1608) Krzysztof Angelus (1608–1612) Stanisław Kryski (1612–1614) Mikołaj Cyrowski (1614–1620) Hermolius Buchowski (1620–1622) Michał Madus (1622–1627) Andrzej Lavicous (1627–1628) Stanisław Bronowski (1628–1632) Tomasz Boleslavius (1632–1634) Kasper Resler (1634–1638) Stanisław Bobola (1638–1641) Jan Psarski (1641–1644) Przemysław Rudnicki (1644–1648) Andrzej Skibicki (1648–1652) Marcin Olszewski (1652–1654) Stanisław Wapowski (1654–1657) Maciej Wielewicz (1657–1661) Marcin Hincza (1661–1667) Tomasz Thill (1667–1671) Bartłomiej Nataniel Wąsowski (1671–1674) Paweł Piaseczyński (1674–1677) Jakub Rożewicz (1677–1681) Jan Krosnowski (1681–1685) Jakub Rożewicz