miejsce Drużyny, które awansowały z Regionalligi 2011/12: Borussia Dortmund II Dortmund 1. miejsce RL West Hallescher FC Halle 1. miejsce RL Nord Stuttgarter Kickers Stuttgart 1. miejsce RL Süd
Tabela Poz.KlubMPkt.MeczeBramkizwy.rem.por.zdob.stra.1Karlsruher SC 38 79 23 10 5 69 272Arminia Bielefeld 38 76 22 10 6 59 323VfL Osnabrück 38 73 22 7 9 64 354Preußen Münster 38 72 20 12 6 63 3351. FC Heidenheim 38 72 21 9 8 69 476Chemnitzer FC 38 55 15 10 13 56 477SV Wehen Wiesbaden 38 51 11 18 9 51 518SV Wacker Burghausen 38 51 14 9 15 45 459SpVgg Unterhaching 38 51 14 9 15 48 5510Hallescher FC 38 46 12 10 16 37 50111. FC Saarbrücken 38 45 12 9 17 52 6212Hansa Rostock 38 44 11 11 16 39 5213Rot-Weiss Erfurt 38 44 11 11 16 44 5814VfB Stuttgart II 38 43 11 10 17 35 4215Kickers Offenbach *** 38 42 * 11 11 16 41 4416Borussia Dortmund II38 41 9 14 15 39 5817Stuttgarter Kickers 38 40 10 10 18 39 4818SV Darmstadt 98 38 38 8 14 16 32 4619SV Babelsberg 03 38 37 9 10 19 32 5420Alemannia Aachen 38 26 ** 7 10 21 40 68Legenda:awans do 2. Bundesligibaraże o awans do 2. Bundesligi spadek do Regionalligi źródło: Karlsruher SC i Arminia Bielefeld awansowały do 2. Bundesligi 2013/14. VfL Osnabrück przegrał swoje mecze barażowe i pozostał w 3. Lidze 2013/14. Alemannia Aachen, SV Babelsberg 03 i Kickers Offenbach spadły do Regionalligi 2013/14.