Latem 2008 Miranda powrócił do ojczyzny, podpisując umowę ze stołecznym Club Nacional. Również tam z miejsca zaczął odgrywać kluczową rolę w drużynie i został czołowym obrońcą w lidze paragwajskiej, a podczas jesiennego sezonu Clausura 2009 wywalczył z nią pierwsze w swojej karierze mistrzostwo Paragwaju, w tym samym roku biorąc również udział w pierwszym międzynarodowym turnieju w karierze, Copa Libertadores. Kolejny tytuł mistrzowski zdobył z Nacionalem półtora roku później, w wiosennych rozgrywkach Apertura 2011, a ogółem barwy klubu z dzielnicy Barrio Obrero przywdziewał przez cztery lata. W połowie 2012 roku po raz kolejny wyjechał za granicę, tym razem do Meksyku, gdzie zasilił zespół Puebla FC. W Liga MX zadebiutował 20 lipca 2012 w przegranym 0:2 spotkaniu z Tijuaną, natomiast pierwsze i zarazem jedyne trafienie zanotował 28 października tego samego roku w przegranym 1:2 meczu z Atlante.
Na początku 2013 roku Miranda powrócił do Paragwaju, przechodząc do stołecznego Club Olimpia.