130 Konstytucji z 1917 roku, na mocy którego księża mieli podporządkować się władzy cywilnej i realizować posługę kapłańską w ramach schizmatyckiego „kościoła narodowego”, nie zrezygnował z realizacji powołania i kontynuował działalność eucharystyczną w konspiracji. Odmówił oddania katedry. Aresztowany został gdy miał udzielić sakrament małżeństwa i rozstrzelany na rozkaz generała wojsk rządowych tego samego dnia w koszarach. Zmarł z różańcem w rękach.
Po zakończeniu procesu informacyjnego na etapie lokalnej diecezji, który toczył się w latach 1933–1988 w odniesieniu do męczenników okresu prześladowań Kościoła katolickiego w Meksyku, został beatyfikowany 22 listopada 1992 roku w watykańskiej bazylice św. Piotra, a jego kanonizacja na placu Świętego Piotra, w grupie Krzysztofa Magallanesa Jary i 24 towarzyszy, odbyła się 21 maja 2000 roku. Wyniesienia na ołtarze Kościoła katolickiego dokonał papież Jan Paweł II.
Relikwie Michała de la Mora y de la Mora zostały przeniesione do kaplicy męczenników w bazylice katedralnej w Colimie, które jest miejscem szczególnego kultu