3 lutego 1994 razem z ministrem obrony Gruzji sygnował protokół o utworzeniu w Gruzji trzech rosyjskich baz wojskowych w Achalkalaki, Waziani i Batumi, na obszarach uznawanych za niepewne z racji działających tam ruchów separatystycznych.
Podejrzewany o zainspirowanie zamachu na Szewardnadzego 29 sierpnia 1995, stopniowo tracił dawną pozycję. W październiku 1995 Mchedrioni zostali uznani za organizację przestępczą i zdelegalizowani. Wówczas Ioseliani ogłosił przekształcenie organizacji w partię polityczną i zapowiedział walkę z "dyktaturą Szewardnadzego", co zaniepokoiło koła rządowe i skłoniło prezydenta do aresztowania przywódców Mchedrioni. Po wyborach w następnym miesiącu główną postacią na gruzińskiej scenie politycznej stał się Szewardnadze, a Ioseliani i Kitowani zostali definitywnie odsunięci od władzy. Ioseliani został oskarżony nie tylko o organizację zamachu na prezydenta, ale i zabójstw Gii Czanturii, Soliko Chabeiszwili, Gii Gugua oraz szeregu innych przestępstw. W 1998 został skazany na karę łączną 11 lat pozbawienia wolności.