W 1800 roku kandydatami Partii Demokratyczno-Republikańskiej ponownie zostali Thomas Jefferson i Aaron Burr, a kandydatami Partii Federalistycznej – urzędujący prezydent John Adams i Charles Pinckney. W wyniku bardzo ostrej kampanii wyborczej, przy walnym udziale prasy, w głosowaniu Kolegium Elektorów, Jefferson i Burr zdobyli po 73 głosy, natomiast Adams – 65, a Pinckney – 64. Zgodnie z ówczesnymi przepisami, wyboru musiała dokonać Izba Reprezentantów. W trzydziestu pięciu głosowaniach, żaden kandydat nie uzyskał wymaganej większości, dopiero w 36. głosowaniu, Hamilton, który bardziej nienawidził Burra, oddał głosy federalistów na Jeffersona. Uroczystość zaprzysiężenia odbyła się na Kapitolu, siedzibie Kongresu. Przysięgę odebrał John Marshall (mianowany przez Adamsa prezes Sądu Najwyższego), polityczny wróg Jeffersona.