Kolejną ważną rzeczą jest nowy system kar. Od 2013 zawodnicy nie będą już otrzymywali za zbyt agresywną jazdę „żółtych kartek”, a karne punkty. Stało się tak w głównej mierze po tym, jak Niklas Ajo z powodu „fizycznej” dyskusji z wirażowymi został wykluczony z dwóch wyścigów, czy kiedy Marc Márquez otrzymywał kary startu z ostatniego pola za zbyt ostre poczynania na torze. Zdecydowano się na stworzenie systemu punktów karnych, które zawodnicy będą otrzymywać za nieodpowiednie zachowanie. „Oczka” te nie będą jednak odejmowane z klasyfikacji generalnej, a stworzona zostanie po prostu osobna klasyfikacja. Maksymalnie za jedno przewinienie kierowca otrzymać może dziesięć punktów, ale jednocześnie może też zostać nałożona na niego kara finansowa. Gdy zawodnik zgromadzi cztery punkty karne, będzie musiał rozpoczynać wyścig z ostatniego pola. Kiedy uzbiera ich siedem – wystartuje z alei serwisowej. Kiedy zaś jeździec zgromadzi dziesięć „oczek” – zostanie wykluczony z kolejnej rundy Grand Prix.