Jesienią 44 roku Brutus, morderca Cezara, zebrał w Grecji resztki wojsk Pompejusza, rozproszone po bitwie pod Farsalos. Do swojego sztabu przyjął wielu młodych Rzymian studiujących w Atenach. Horacy postanowił bronić, u boku kolegów, republikańskich ideałów przed Oktawianem i Markiem Antoniuszem – zaciągnął się do armii Brutusa. Braki kadrowe były w niej tak duże, że niedoświadczonego Kwintusa przydzielono do sztabu i nadano stopień oficerski (tribunus militum). W roku 42 uczestniczył w operacjach zajmowania przez legiony Brutusa Macedonii, Ilirii i Azji. W październiku bitwa pod Filippi zakończyła się klęską wojsk republikańskich. Horacy szukał ratunku w ucieczce, podczas której porzucił spowalniające go uzbrojenie. Uratowawszy życie, postanowił powrócić do Rzymu.
Wracał przez Grecję i Adriatyk. Na Morzu Tyrreńskim przeżył burzę morską w pobliżu Przylądka Palinura, u zachodnich wybrzeży Lukanii. Niewiele brakowało, by jego statek rozbił się o skały. Wydarzenie to zaliczył później do jednego z trzech najgroźniejszych momentów w swoim życiu.