W niej w sezonie 2003/2004 zanotował tylko dwa zwycięstwa (21 lutego 2004 pokonał MOSiR Zabrze, a 3 kwietnia 2004 wygrał z AZS-AWF Biała Podlaska) oraz trzy remisy, spadając do I ligi. Najlepszym strzelcem Gwardii w ekstraklasowym sezonie 2003/2004 był Maciej Ścigaj, który zdobył 154 gole.
W latach 2004–2013 Gwardia występowała w I lidze. W tym okresie dwukrotnie zajęła w niej 2. miejsce (2006/2007, 2010/2011) i dwukrotnie uplasowała się na 3. pozycji (2007/2008, 2011/2012). W sezonie 2012/2013, kiedy jej trenerem był Marek Jagielski, zdominowała rozgrywki I ligi (grupa B) – wygrała 25 z 26 meczów i z dorobkiem 50 punktów zakończyła zmagania na 1. miejscu, oznaczającym awans do Superligi.
Lata 2013–2019 W rundzie zasadniczej Superligi sezonu 2013/2014 Gwardia odniosła pięć zwycięstw, zanotowała jeden remis i poniosła 16 porażek. Z dorobkiem 11 punktów uplasowała się na przedostatnim miejscu w tabeli. Przystąpiła następnie do gry o utrzymanie. W fazie spadkowej wygrała dwa mecze (23 kwietnia 2014 i 10 maja 2014 z Zagłębiem Lubin), jeden zremisowała, a trzy przegrała. Nie wystarczyło to do utrzymania – Gwardia ostatecznie skończyła rozgrywki na 11. miejscu i spadła do I ligi. W trakcie sezonu, w grudniu 2013 doszło do zmiany trenera – Marka Jagielskiego zastąpił Tadeusz Jednoróg.