Planował pozostać na urzędzie prezydenta na drugą kadencję. Pomimo że wyrzucił z rządu dwóch sprzymierzeńców Hamiltona, uzyskał poparcie Partii Federalistycznej i wraz z Charlesem Pinckneyem ponownie kandydował w wyborach w roku 1800. W czasie kampanii był jednak ostro atakowany za politykę wobec Francji – Federaliści zarzucali mu niewypowiedzenie wojny, natomiast Demokratyczni Republikanie – pogorszenie stosunków z Francją. Ponadto Adams był podejrzewany o sympatyzowanie z monarchistami. Z tych powodów, w głosowaniu Kolegium Elektorskiego uzyskał 65 głosów i zajął trzecie miejsce, a prezydentem został jego główny polityczny antagonista Thomas Jefferson. Ostatnią decyzją jaką podjął Adams, będąc prezydentem było podpisanie nominacji dla Johna Marshalla jako nowego prezesa Sądu Najwyższego, który pełnił tę funkcję przez 35 lat.
Dokonania thumb|left|Okręt USS "Constitution" Głównym sukcesem Adamsa było niedoprowadzenie do wojny z Francją, a także powstrzymanie konfliktów wewnętrznych.
Prezydent Adams przywiązywał dużą rolę do rozwoju Marynarki Wojennej USA. 30 kwietnia 1798 utworzono Departament Marynarki Wojennej.