W okresie Wiosny Ludów, czyli w okresie zrywów rewolucyjnych i narodowych, jakie miały miejsce w Europie w latach 1848−1849, książę szukał schronienia dla siebie i swojej rodziny. Najpierw wyjechał do Konstancji, a następnie do Szafuzy. W lipcu 1849 roku powstańcy zajęli Donaueschingen i splądrowali pałac. Po ustaniu rewolucji książę powrócił do Donaueschingen. W roku 1854, po śmierci ojca (22 października) będąc najstarszym członkiem rodziny, objął przewodnictwo nad całym domem książęcym Fürstenberg. Po swoim ojcu Karl Egon odziedziczył posiadłości rodu w Szwabii, podczas gdy jego brat Maksymilian Egon w Czechach. Pierwszym zadaniem, przed jakim stał obecny książę było uporządkowanie zrujnowanych finansów, co mu się w stosunkowo krótkim czasie udało, dzięki umiejętnościom administracyjnym sprowadzonego przez niego do Donaueschingen, pełniącego wcześniej obowiązki radcy w ministerstwie Badenii Prestinariego.