W styczniu 2013 roku Europejski Urząd ds. Bezpieczeństwa Żywności orzekł, iż neonikotynoidy zawierające klotianidynę prezentują nieakceptowalnie wysoki poziom ryzyka dla pszczół oraz że badania udowadniające bezpieczeństwo ich stosowania były obarczone wadami i prawdopodobnie celowo wprowadzały w błąd. Odnotowano w konkluzji: Wysokie zagrożenie dla pszczół miodnych zostało rozpoznane ze strony środków używanych do zaprawiania nasion kukurydzy, rzepaku i zboża. Wysokie ryzyko stwarzają też pozostałości pestycydu w nektarze i/lub pyłku.
Dozwolone stosowanie (stan na 2013 r.) Klotianidyna jest stosowana w formie aerozolu, pyłu, zraszacza gleby (wychwytywanego przez korzenie roślin), wstrzykiwanego płynu (do gałęzi i pni drzew, w cukier trzcinowy łodygi itp.) i jako zaprawy nasion. Związek może być używany do ochrony roślin w następujących krajach: Australia, Austria, Belgia, Bułgaria, Kanada, Czechy, Dania, Estonia, Francja, Finlandia, Niemcy, Grecja, Węgry, Włochy, Irlandia, Japonia, Korea, Litwa, Holandia, Nowa Zelandia, Polska, Portugalia, Serbia, Słowacja, Słowenia, Hiszpania, Wielka Brytania i Stany Zjednoczone. Pozwolenie na użycie zapraw nasiennych z zawartością klotianidyny, w szczególności dla kukurydzy, zostało cofnięte lub zawieszone w Niemczech, we Włoszech i Słowenii.