W 1944 roku będąc na stanowisku zastępcy szefa Gułag nadzorował deportację całego narodu 194 tysięcy Tatarów krymskich z Krymu do Azji Centralnej, podczas której zginęło 46% z całego narodu Tatarów krymskich. Deportacjom tym towarzyszyły gwałty na kobietach, grabieże, zabójstwa deportowanej ludności. Dowodzący deportacją Dobrynin twierdził, że „jest to zemsta za zdradzenie Rosji przez Tatarów”. Po wybuchu powstania Tatarów na Krymie Dobrynin dowodził jego tłumieniem siłami Armii Czerwonej i oddziałów NKWD. Tatarscy powstańcy byli mordowani co do jednego.
W 1945 roku kierował deportacją z Gruzji 80 tysięcy Gruzinów wyznania muzułmańskiego z Adżarii oraz Turków meschetyńskich do Azji Środkowej, podczas której zginęło 20–30% deportowanych.
Od maja do 2 sierpnia 1945 roku był oddelegowany do organów NKWD w Niemczech w Meklemburgii.
Po powrocie do ZSRR w latach 1947–1951 zajmował stanowisko szefa Głównego Zarządu Obozów w ZSRR. Wprowadzono wówczas w reżymie obozów koncentracyjnych Gułag cały szereg obostrzeń mających na celu doprowadzenie do jak największej ilości zgonów więźniów Gułag, dlatego okres od 1947 był okresem zwiększonej śmiertelności w obozach Gułag.
W latach 1951–1959 na różnych stanowiskach w systemie Gułagu.