Latem 2010 Pabón przeszedł do krajowego giganta – zespołu Atlético Nacional ze swojego rodzinnego miasta Medellín. Tam z miejsca wywalczył sobie pewne miejsce w wyjściowym składzie, zostając kluczowym zawodnikiem drużyny. W wiosennym sezonie Apertura 2011 zdobył z prowadzoną przez trenera Santiago Escobara ekipą swoje premierowe mistrzostwo Kolumbii, lecz międzynarodową sławę zyskał dopiero w 2012 roku, kiedy to wziął udział w pierwszych międzynarodowych rozgrywkach w swojej karierze – Copa Libertadores. Tam jego zespół odpadł już w 1/8 finału, lecz on sam notował świetne występy; w konfrontacji z urugwajskim Peñarolem (3:0) zdobył spektakularnego gola z rzutu wolnego z odległości około czterdziestu metrów, został wybrany przez CONMEBOL na najlepszego piłkarza czwartej kolejki rozgrywek, a dzięki zdobyciu siedmiu bramek został wicekrólem strzelców tamtej edycji Copa Libertadores, ustępując jednym trafieniem Neymarowi i Matíasowi Alustizie. Ogółem w Atlético Nacional spędził dwa lata, a dzięki udanej formie zainteresowanie jego zatrudnieniem przejawiały kluby takie jak Galatasaray SK, Rubin Kazań, AS Roma, Olympique Marsylia, Tottenham, Málaga CF czy Udinese Calcio.