Do ich budowy użyto m.in. materiałów z rozebranego wówczas kościoła św. Elżbiety. System fortyfikacji został uzupełniony wieżą obronną po stronie północno-zachodniej, w której obecnie znajduje się kaplica.
W 1528 r. w posiadanie zamku weszła rodzina Łaskich. Stąd właśnie w 1565 r. Beata z Kościeleckich Łaska, majętna wdowa po księciu Ostrogskim, a wówczas żona Olbrachta Łaskiego, pana na Kieżmarku z nadania króla Jana Zápolyi, podjęła pierwszą znaną w historii wycieczkę turystyczną w Tatry, podczas której dotarła w głąb Doliny Kieżmarskiej (z pewnością nie dalej jak do Zielonego Stawu Kieżmarskiego). I w tymże zamku była później więziona przez męża, który (młodszy od niej o 21 lat!) w tym czasie przepuszczał w hulankach po Europie jej wiano.
Drogą różnych transakcji zastawów i zakupów zamek (a później i miasto) dostał się w 1579 r. do rąk rodziny Thökölych. Jej cztery generacje miały siedzibę na zamku, a spory między miastem a Thökölymi doszły do takiego poziomu, że na porządku dziennym były uliczne burdy, wzajemne napaści i akty zemsty. Ród Thökölych był odwiecznym wrogiem Habsburgów, a Imre Thököly, przywódca wielkiego antyhabsburskiego powstania kuruców wybuchłego w roku 1672 dodatkowo sprzymierzył się z Turcją w walce z cesarstwem. Kiedy więc Turcy ponieśli klęskę pod Wiedniem w 1683 r.