Pierwsza kieżmarska szkoła stała koło kościoła św. Krzyża. Wraz z nasileniem się kontrreformacji szkołę wyrzucono poza obręb murów miejskich. Przez pewien czas działała w zakrystii drewnianego kościoła protestanckiego św. Trójcy (obecnie tzw. „artykularnego”). Dopiero w latach 1774-1776 wzniesiono według planów M. Krausa nowy, murowany budynek, który obecny kształt zyskał w XIX w. poprzez dobudowy pierwszego, a następnie drugiego piętra. Na przełomie lat 60. i 70. XX w. budynek poddano gruntownej renowacji według projektu inż. arch. M. Križana, po czym umieszczono w nim zabytkową bibliotekę oraz ekspozycję kieżmarskiego muzeum, poświęconą literaturze.
W kieżmarskiej szkole wykładali profesorowie i uczyli się studenci z całej środkowej Europy. Wielu z jej absolwentów rozwijało później kariery słowackich, węgierskich, niemieckich, a nawet serbskich uczonych, artystów czy polityków.