W Akademii poznaje nowych przyjaciół, Syrusa Truesdale'a, Chumleya Huffingtona, Bastiona Misawę i Alexis Rhodes, lecz też przysparza sobie rywali, a szczególnie Chazza Princetona, studenta najwyższej rangi Niebieskich Obelisków, który twierdzi iż pokonał Crowlera dzięki szczęściu. Podczas nauki w Akademii wpada w różne tarapaty, a co gorsza, Crowler zamierza pozbyć się Jadena za to, jak go upokorzył. To właśnie tutaj Jaden poznaje też brata Syrusa a zarazem Profesjonalnego Gracza, Zane’a Trusdale'a. Chazz z powodu przegranej z Jadenem, mimo rzadkich kart danych przez Crowlera, staje do walki z Bastionem o swoje stanowisko w Obeliskach, gdyż przegrany zostaje przeniesiony do Żółtych Ra. Chazz przegrywa i zamiast spaść na niższą rangę, decyduje się opuścić Akademię. Odcinki 14–26 Jaden i jego przyjaciele wciąż walczą z nowymi przeciwnikami, takimi jak potwór Jinzo, dziki gracz Damon czy studentem Obeliska z tajemniczymi mocami, Belowskim. Nie zabraknie mu też pojedynku z Dimitrim, graczem który ukradł talię Yugiego i który potrafi skopiować każdą talię kart, a nawet osobowość przeciwnika. Jaden poznaje też zakochaną w Zanie uczennicę Blair. W tym czasie powoli rozpoczynają się przygotowania się do Pojedynku Akademii Pojedynków z Północną Akademią.