Był to XI-wieczny spór między władcą Świętego Cesarstwa Rzymskiego, Henrykiem IV, a papieżem Grzegorzem VII o mianowanie biskupów. Spór ten w istocie dotyczył hegemonii nad ówczesnym światem chrześcijańskim, ponieważ obozy papieski (gregoriański) i cesarski chciały realizować sprzeczne wizje uniwersalistycznej Europy.
Rozwój uniwersytetów
thumb|Uniwersytet Boloński, XIV wiek Współczesne uniwersytety zachodnie mają swe źródła w średniowiecznym Kościele. Kościół otaczał studentów jurysdykcją kościelną i dawał im pewne przywileje. Szkoły katedralne w XII w. zaczęły odłączać się od katedr i powstawały jako samodzielne instytucje. Najstarszymi z nich były: Uniwersytet Boloński (1088), Uniwersytet Paryski (ok. 1100), Uniwersytet Oksfordzki (1167).
Święta inkwizycja
W 1184 roku papież Lucjusz III podczas synodu w Weronie powołał instytucję Świętej Inkwizycji, która miała na celu walkę z wszelkimi ruchami heretyckimi, zatem wszelkimi głosicielami teorii niezgodnych z dogmatami i oficjalną doktryną Kościoła. Sądzonymi przez inkwizycję stawali się nieortodoksyjni uczeni i teologowie, ale także ludzie niewygodni dla władz Kościoła lub lokalnych społeczności katolickich.