Pracował w sztabie wyborczym Aleksandra Kwaśniewskiego w trakcie kampanii prezydenckiej w 1995. W 1996 został wybrany przez Sejm RP do Krajowej Rady Radiofonii i Telewizji w miejsce Marka Siwca, który odszedł do Kancelarii Prezydenta RP. Członkiem KRRiT był do 1998.
W czerwcu 1998 objął stanowisko prezesa zarządu Telewizji Polskiej. Jego nazwisko pojawiło się w trakcie tzw. afery Rywina. Przyjęty przez Sejm raport sejmowej komisji śledczej (autorstwa Zbigniewa Ziobry) stwierdzał, że złożenie (w lipcu 2002) przez Lwa Rywina propozycji korupcyjnej przedstawicielom Agora S.A. miało pozostawać – jak wskazano w tym dokumencie – w ścisłym związku z zachowaniem osób z tzw. grupy trzymającej władzę, w skład której mieli wchodzić Robert Kwiatkowski, Aleksandra Jakubowska, Włodzimierz Czarzasty, Lech Nikolski oraz Leszek Miller. W związku z tą sprawą Robertowi Kwiatkowskiemu nigdy nie przedstawiono żadnych zarzutów. W 2003 członkowie rady nadzorczej Telewizji Polskiej, Anna Popowicz i Andrzej Liberadzki, wystąpili o odwołanie Roberta Kwiatkowskiego z funkcji prezesa, wniosek ten nie został poparty, a Robert Kwiatkowski zajmował stanowisko do 17 lutego 2004. W 2005 opublikował własnym sumptem książkę Jaka piękna katastrofa. Wojna o ustawę medialną a afera Rywina.