Otrzymał jednak cztery punkty, przyznane walkowerem za dwa spotkania z Metalplastem Oborniki, który wycofał się z rozgrywek. Sezon 2001/2002 piłkarze ręczni z Końskich zakończyli na 12. miejscu (bilans bramkowy: 722-921), oznaczającym spadek do I ligiBrąz dla Śląska, „Słowo o sporcie” (dodatek do „Słowa Ludu”) 2002, nr 257, s. 6.. Najskuteczniejszym zawodnikiem MKS-u był jego wychowanek Michał Przybylski, który zdobył 149 goli.
W latach 2002–2006 klub występował w I lidze (w sezonie 2003/2004 jako KSSPR MKS-Końskie, a od sezonu 2004/2005 jako KSSPR Końskie). Przez następne dwa lata koneccy szczypiorniści rywalizowali w II lidze. W sezonie 2007/2008 zajęli w niej 10. miejsce, lecz ze względu na wycofanie z pierwszoligowych rozgrywek Vive II Kielce, otrzymali prawo do gry na tym poziomie ligowym w sezonie 2008/2009. W sezonach 2009/2010 i 2014/2015 uplasowali się w I lidze na 3. miejscu, natomiast w sezonie 2013/2014 zajęli w tych rozgrywkach 2. pozycję (18 zwycięstw, cztery remisy i cztery porażki). W maju 2014 przystąpili do barażu o awans do Superligi, w którym przegrali z Nielbą Wągrowiec (22:28;