Inne wersje El Greco wielokrotnie w późniejszej działalności artystycznej poruszał temat Zwiastowania. W wersji starszej niż ta z Prado, z 1576 roku, znajdującej się obecnie w Muzeum Thyssen-Bornemisza w MadrycieWcześniej obraz znajdował się we florenckich kolekcjach Principe Corsini oraz Contini-Bonacossi. Obraz wymieniany jest przez Gudiola i Wetheya, ale datowany jest na lata 1570–1575, czyli na ten sam okres co płótna madryckie., artysta powtórzył układ kompozycyjny, ale zrezygnował z elementów architektonicznych widocznych w tle na rzecz zachmurzonego nieba.
Trzecia, uważana za najbardziej dopracowaną, powstała w tym samym okresie co wersja madrycka, lecz jest znacznie większa od niej (wersja z Prado, ze względu na jej wymiary, wydaje się kopią lub rysunkiem przygotowawczym). Obraz przez lata znajdował się w madryckiej kolekcji Aureliana de Beruete, a następnie u hiszpańskiego biznesmena Julia Ramoneta z Barcelony. Ramonet zapisał swoją posiadłość wraz ze znajdującą się w niej kolekcją sztuki miastu Barcelonie. Po jego śmierci w 1991 roku obraz zaginął, a o jego zniknięcie podejrzewano jedną z córek milionera. W marcu 2012 Sąd Najwyższy wydał wyrokobligujący spadkobierców Ramoneta do przekazania spuścizny.