Po upadku powstania listopadowego klasztor franciszkański został zamknięty, a w budynku umieszczono więzienie dla duchownych, skazanych przez władze carskie. W latach 1856–1860 obiekt odrestaurowano. W następstwie represji po powstaniu styczniowym klasztor został skasowany. Jednocześnie rozpoczęto przebudowę świątyni na prawosławną cerkiew.
Obiekt powrócił do Kościół katolickiego w ramach akcji rewindykacyjnej po odzyskaniu niepodległości przez Polskę. Inicjatorem procesu odzyskania kompleksu klasztorno-świątynnego był ordynariusz miński bp Zygmunt Łoziński. Franciszkanie wrócili do Iwieńca, obejmując opieką duszpasterską kilkutysięczną miejscową parafię.
W 1935 r. oficerowie i żołnierze Korpus Ochrony Pogranicza z Batalionu KOP „Iwieniec” ufundowali dla świątyni dzwon wykonany w Odlewni dzwonów Braci Kruszewskich. Dzwon o wadze 1260 kg otrzymał imię "Marszałek", poświęcony został pamięci zmarłego marszałka Józefa Piłsudskiego i opatrzono napisem: "W miejsce zrabowanych przez rząd zaborczy w czasie wielkiej wojny w roku 1917, dzwon ten został ulany w Niepodległej Polsce i poświęcony pamięci Wodza Narodu i Wskrzesiciela Ojczyzny, Pierwszego Marszałka Polski, Józefa Piłsudskiego"Franciszkanie w Iwieńcu - Kościół pw. św.