W praktyce jednak budowa nigdy nie została ukończona. Gmach został odnowiony częściowo przez Genueńczyków w 1373 roku, po uszkodzeniach związanych z genueńskim podbojem. Kolejne uszkodzenia miały miejsce po wojnie przeciw mamelukom. Wschodnią część budowli uszkodziło trzęsienie ziemi z 1491 roku. Napraw dokonali wówczas Wenecjanie. Po uszkodzeniach spowodowanych kolejnym trzęsieniem ziemi z roku 1547 konstrukcja została wzmocniona.
W katedrze koronowano królów Cypru, którzy następnie udawali się do katedry św. Mikołaja w Famaguście na uroczystość koronacji na tytularnego władcę Królestwa Jerozolimskiego.
W 1570 roku wyspa została zdobyta przez Osmanów, którzy uszkodzili częściowo katedrę. Zdobywcy spalili ambonę i ławki, otworzyli część grobów i rozrzucili spoczywające w nich szczątki oraz usunęli kamienie nagrobne. Wkrótce potem rozpoczęto przebudowę katedry na meczet. W ramach prac budowlanych dwie niedokończone wieże przekształcone zostały w minarety o wysokości 50 m, na dziedzińcu zbudowano fontannę do ablucji, usunięto wszelkie zdobienia, a wnętrze pomalowano na biało i wykonano mihrab oraz minbar.