W 1750 do kościoła dostawiono od południa kaplicę fundacji Michała Śliźnia. W 1 poł. XVIII w. dokonano również całkowitego przekształcenia wystroju wnętrza świątyni, urządzając je w stylu rokoko. thumb|Kościół i klasztor Bernardynów (Starostwo) w 1931 r.|lewo|238x238pxW 1864 roku kościół klasztorny św. Trójcy władze rosyjskie zamknęły i w 1867 roku przebudowały na prawosławną cerkiew Świętej Trójcy. Podczas I wojny światowej rosyjski proboszcz zbiegł i opuszczone budynki przejęła armia niemiecka. Gdy Słonim znalazł się w granicach II Rzeczypospolitej, katolicy odzyskali kościół klasztorny w 1921 roku, przeznaczając go na kościół szkolny. Po 1945 obiekt został po raz drugi przekazany parafii prawosławnej i od tego czasu jest nieprzerwanie czynny. W tym czasie usunięto też hełm wzniesiony przed 1939 rokiem. Podczas remontu w latach 2006-2009 zniszczono glorię z Okiem Opatrzności, figury aniołów, putta i rokokowe wazony. W 2012 roku usunięto dotychczasowy hełm wieży kościelnej zastępując go hełmem w formie barokowej, a w 2015 roku hełm ten zastąpiono cebulastą kopułą charakterystyczną dla rosyjskiej architektury cerkiewnej.