Przeszedł na emeryturę w 1882 i powrócił do klasztoru w Brnie, gdzie przebywał do śmierci.
Dorobek naukowy Bratranek zapisał się w historii m.in. jako znawca Hegla, Goethego i pośrednik między kulturą polską i niemieckojęzyczną. W latach 1840/1841 napisał liczącą 567 stron rozprawę filozoficzną w duchu Encyklopedii Hegla. Nie opublikował jej jednak wówczas z powodów politycznych, a więc z obawy przed represjami ze strony ustroju Metternicha i zapewne kościoła katolickiego. W 1841 r. ukazała się za to jego rozprawa poświęcona estetyce, Zur Entwicklung des Schönheitsbegriffs, w której Hegel nie jest wymieniany z powodu cenzury. Jego ujęcie estetyki znajduje jednak odzwierciedlenie w dziele. Po Wiośnie Ludów Bratranek skoncentrował się na bezpieczniejszych badaniach z zakresu literaturoznawstwa i estetyki. Z okresu krakowskiego pochodzi jego wiele istotnych prac, m.in. Ästhetische Studien (1853) i Ästhetik der Pflanzenwelt (1853). Często publikował syntezy lub rozwinięcie wykładów, jak w tych przypadkach. Zajmował się estetyką natury, tzw. zieloną estetyką. Jeśli chodzi o badania literaturoznawcze, to w 1850 r. opublikował w Brnie podręcznik literatury niemieckiej pt. Handbuch der deutschen Literaturgeschichte. W 1851 r. przygotował rozprawę pt. Parallelen zwischen der deutschen und polnischen Literatur.