Najwyższymi kulminacjami w gminie są wzgórza morenowe i kemowe w jej południowo-wschodniej części, pobliżu dawnej wsi Golubie i osiągają wysokość 295,4 oraz 292,1 m n.p.m. Znaczne deniwelacje terenu występują w okolicach wsi Maciejowięta i wynoszą od 40 do 70 m. Najmniej wyniesione tereny leżą przy granicy państwowej, a najniższym punktem w gminie jest punkt opuszczenia kraju przez rzekę Błędziankę.
Hydrologia Przez gminę Dubeninki przebiega wododział pierwszego rzędu między dorzeczem Wisły a Pregoły, czego konsekwencją jest źródłowy charakter cieków. 97,2% powierzchni gminy jest odwadnianych przez Pregołę, a 2,2% przez Wisłę. Teren należący do dorzecza Wisły znajduje się w południowo-zachodniej części gminy i obejmuje jeziora Niskie i Wysokie wraz z odpływami. Najważniejszymi rzekami gminy są: Błędzianka, Żytkiejmska Struga, Bludzia, Czerwona Struga, Duży Budier i Pstrążnia.