W oczekiwaniu na osiągnięcie wieku kanonicznego, wymaganego do święceń prezbiteratu, pracował w Wojniczu. Święcenia kapłańskie otrzymał w styczniu 1831 w Przemyślu i został skierowany do parafii w Choczni w diecezji tarnowskiej. Od 1833 był wikariuszem w katedrze, katechetą szkoły żeńskiej i kapelanem szpitala wojskowego w Tarnowie. 8 czerwca 1835 został proboszczem parafii w Lisiej Górze. Należał do grona spiskowców, przygotowujących powstanie krakowskie. Zaprosił okoliczne ziemiaństwo na kolację w dzień Bożego Narodzenia 1845, aby rozprawiać o jego rychłym wybuchu. W styczniu 1846 otrzymał dekret do Kamienicy, jednak placówki tej nie objął. Z powodu pogłosek nt. działalności konspiracyjnej wymierzonej w zaborców, w drodze powrotnej z Jawornik do Lisiej Góry w marcu 1846 został pojmany przez zgraję wieśniaków i przez całą noc trzymany pod strażą w Żukowicach Nowych, stając się jedną z pierwszych ofiar rabacji galicyjskiej.
W relacji wydarzeń "rzezi tarnowskiej" ks. prof. Jan Kracik wskazuje na insynuacje wysuwane przez niektórych wrogów trzeźwości, jakoby jej promotorzy (w tym ks. Morgenstern) zmuszali chłopów do składania przysięgi na rewolucję pod pozorem ślubów na wstrzemięźliwość.