Funkcjonowało jedno seminarium duchowne, dwie niższe szkoły duchowne (w Nowoczerkasku i w stanicy Ust'-Miedwiedicka) oraz eparchialna szkoła dla dziewcząt.
W 1934 zamknięto Sobór Wniebowstąpienia Pańskiego w Nowoczerkasku, a działalność eparchii faktycznie ustała.
W czasie okupacji niemieckiej były arcybiskup rostowski Mikołaj (Amasijski) z własnej inicjatywy przejął kontrolę nad diecezją dońską i nominalnie włączył ją do działającego pod zwierzchnictwem arcybiskupa Aleksego. W przeddzień zajęcia Rostowa przez Armię Czerwoną abp Mikołaj udał się do Rumunii. W 1943 r. parafie eparchii dońskiej weszły w skład eparchii rostowskiej i nowoczerkaskiej.
Inne prawosławne eparchie dońskie Nazwę „dońska” nosiły lub nadal noszą inne eparchie prawosławne: eparchia dońska Żywej Cerkwi funkcjonująca w latach 1922–1934; eparchia dońska i kaukaska Rosyjskiej Prawosławnej Cerkwi Staroobrzędowej istniejąca od 1855. Katedrą biskupią jest Sobór Opieki Matki Bożej (Pokrowski) w Rostowie nad Donem. Urząd biskupa dońskiego i kaukaskiego (od stycznia 2016 r.