Henryk II został wyniesiony z pozycji margrabiego (Markgraf) do pozycji księcia (niem. Herzog) w roku 1156. Przeniósł wtedy swą siedzibę z Klosterneuburg do Wiednia i tam potrzebował zakonu. W Średniowieczu zakony były nie tylko miejscem modlitwy, lecz przede wszystkim źródłem wiedzy. Zakon, który kształcił skrybów, architektów, uczonych, księży, a także miał szpital i bibliotekę, był wsparciem dla administracji władcy. „Schotten” byli również związani z założonym w 1365 roku Uniwersytetem Wiedeńskim.
Henryk nadał nowemu zakonowi wiele przywilejów. Budowę rozpoczęto w 1160 roku, a konsekracja nastąpiła w roku 1200. Zakon znajdował się wtedy poza murami miasta. Mnisi wybudowali również przytułek dla pielgrzymów i krzyżowców, którzy często zatrzymywali się w Wiedniu w drodze do Jeruzalem.
Henryka II pochowano w roku 1177 w pierwszym kościele przy zakonie.
W roku 1418, Książę Albert V w ramach Reformy Melkera przejął zakon i przekazał benedyktynom. Jednakże nowych rezydentów nadal określano mianem „Schotten”.
W roku 1807 nakazem dekretu cesarskiego otwarto w budynku zakonu szkołę średnią Schottengymnasium.
25 września 2022 na wieży klasztoru zawieszono 5 nowych dzwonów.