Budowla wielokrotnie była niszczona przez pożary, a następnie była odbudowywana. W 1945 roku podczas walk o miasto, świątynia została spalona i zburzona, sklepienia zawaliły się. Ocalały mury kapitalne korpusu nawowego i dolne partie wieży zachodniej. W 1948 roku ze środków przyznanych przez Ministerstwo Kultury i Sztuki została wyremontowana i oszklona nawa bocznaArkadiusz Małecki, Stosunek lokalnych władz do średniowiecznej substancji zabytkowej w Pyrzycach w latach 1945–1972, Przegląd Zachodniopomorski 4/2011, s. 116. Dotacje państwowe lokalne władze wykorzystały na bieżące potrzeby zarówno starostwa jak i Zarządu Miejskiego, co doprowadziło do przerwania pracArchiwum Państwowe w Szczecinie, zespół Urząd Wojewódzki Szczeciński 1945–1950, Sygn. 5083, sprawozdanie z działalności WKZ 1945–1949. Dopiero w dniu 24 stycznia 1958 roku zrujnowany kościół został przekazany parafii św. Ottona. W latach 1958–1966 świątynia została odbudowana. Pierwotnie nosiła wezwanie św. Maurycego. W 1961 roku na podstawie decyzji księdza prymasa Stefana Wyszyńskiego otrzymała obecne wezwanie.