Obszar gminy charakteryzuje się głównie falistą rzeźbą terenu, jednak wysokości względne są stosunkowo niewielkie i bardzo rzadko przekraczają wysokość kilkunastu metrów. Zdecydowana większość terenu leży na wysokości 90–100 m n.p.m. Większe wyniesienia znajdują się w Plewnie (około 120 m n.p.m.), natomiast mniejsze wysokości bezwzględne notuje się w dolinach cieków – Wyrwy (na wschód od Przysierska) i Potoku Młyńskiego (na południowy wschód od Poledna). Gmina należy do najmniej zróżnicowanych w zakresie rzeźby terenu obszarów województwa.
Na terenie gminy Bukowiec nie znajdują się żadne udokumentowane złoża surowców kopalin. Powszechnie występujące i nadające się do eksploatacji są jedynie niewielkie skupiska piasku.
Sieć hydrograficzna Gmina Bukowiec położona jest w dorzeczu Wisły, leżąc w większości w zlewni Wdy. Niewielka, południowa część obszaru znajduje się w zlewni Brdy i wymaga ochrony ze względu na położenie w strefie ochronnej ujęcia wody Czyżkówko dla Bydgoszczy. Spora część powierzchni odwadniana jest przez potok Wyrwa, który jest głównym ciekiem na jej terenie, biegnącym od jezior: Zaleskiego i Branickiego do Wdy. Innymi ciekami są: Potok Młyński i Struga Dworzysko.