W 1776 roku na stanowisko dyrektora gimnazjum powołano generalnego superintendenta Johanna Gottfrieda Herdera i jako efor otrzymał równocześnie nadzór nad wszystkimi szkołami Księstwa Saksonia-Weimar-Eisenach. Od 1784 roku wielki książę Karol August I oddał salę balową na nabożeństwa zborowi reformowanemu. Około 1800 roku szkoła otrzymała bibliotekę, której brak długo odczuwała (część jej zbiorów w 1950 roku trafiła do miejskiego archiwum w Weimarze). W XIX stuleciu budowla nadal służyła gimnazjum humanistycznemu. Wzrastająca liczba uczniów doprowadziła 10 października 1887 roku do przeprowadzki do większego budynku znajdującego się przy ulicy Amalienstraße 4 (od września 1991 roku Goethegymnasium Weimar). Stary budynek przy Herderplatz służył od 1910 roku jako Großherzoglich-Sächsische Baugewerkenschule. Wilhelm-Ernst-Gymnasium było tak określane tylko do 1945 roku. W okresie NRD w byłym gimnazjum w roku 1953 zorganizowano muzeum historii naturalnej. Poza tym gmach pełnił rolę „politechnicznego centrum” z klasami do nauczania i pomieszczeniami warsztatowymi.