Salaverría ostatecznie zgodził się na finansowanie klubu, zapewniając jego piłkarzom pensję, zakwaterowanie, wyżywienie oraz pracę w miejskim urzędzie skarbowym.
W 1946 roku ekipa Once Municipal, dzięki triumfowi w mistrzostwach zachodniej części kraju, po raz pierwszy wzięła udział w rozgrywkach Primera División i już wówczas zajęła w nich drugie miejsce, zdobywając tytuł wicemistrzowski. Dwa lata później do zespołu przybyło kilku graczy z Kostaryki, pierwszych pochodzących z tego kraju w historii ligi salwadorskiej, a także trener Armando Chacón, dotychczas prowadzący CD FAS. Te zmiany zaowocowały zdobyciem premierowego tytułu mistrza Salwadoru w rozgrywkach 1948/1949, pierwszych, które odbyły się po założeniu profesjonalnych rozgrywek ligowych w Salwadorze. Po tym sukcesie gracze drużyny zażądali jednak podwyżki zarobków, na co z kolei nie było stać Salaverríi. Wobec tego większość piłkarzy odeszła z klubu, głównie do nowo powstałego stołecznego zespołu Atlético Marte. Z powodu kłopotów finansowych, jak również braku wystarczającej liczby graczy, ekipa Once Municipal nie była w stanie przystąpić do kolejnego sezonu i została karnie relegowana do czwartej ligi.