W porównaniu ze stanem z lat 1973–76 do gminy Bobrowniki powróciło 8 z 9 sołectw włączonych do gminy Szpetal Górny (Fabianki) – Białe Błota, Bobrownickie Pole, Bobrowniki, Bógpomóż, Brzustowa, Gnojno, Polichnowo i Rybitwy; jedynie Lisek pozostał w gminie Fabianki, stanowiąc specyficzną eksklawę, otoczoną całkowicie sołectwami gmin Lipno i BobrownikiPonadto, od 1999 roku cała gmina Fabianki jest eksklawą powiatu włocławskiego, tzn. nie posiada lądowej granicy z resztą powiatu. Od północy graniczy z czterema gminami powiatu lipnowskiego a od południa z Włocławkiem, stanowiącym odrębny powiat. W takim ukłdzie Lisek jest zarazem eksklawą eksklawy.. Zrekompensowano to dodaniem do gminy Bobrowniki sołectwa Rachcin i wsi Winduga (z sołectwa Stary Witoszyn) z gminy Fabianki, które dotąd do gminy Bobrowniki nigdy nie należały. Żadne z czterech sołectw, włączonych w 1976 roku do gminy Lipno (Barany, Brzeźno, Grabiny i Komorowo) nie powróciło w 1982 roku do gminy Bobrowniki.
W 1999 roku gmina Bobrowniki powróciła do reaktywowanego powiatu lipnowskiego w nowo utworzonym województwie kujawsko-pomorskimUstawa z dnia 24 lipca 1998 r.