Tuż przed wyłączeniem superkomputera w poprzednim sezonie, XANA zdołał wszczepić wojownikom część swoich kodów, które teraz próbuje odzyskać wysyłając na ziemię polimorficzne widma.
Podążając za słabym sygnałem w Cyfrowym Morzu, Jeremie odnajduje drugi superkomputer, bliźniaczo podobny do tego z fabryki. Znajduje się w nim inny wirtualny świat, który bohaterowie nazywają Korą (ang. Cortex). W jego sercu znajdują się dane, które mogą pomóc rozwikłać zagadkę powrotu XANY i odsłonić kulisy powstania obu superkomputerów. System jest jednak zabezpieczony przez firewall oraz nowe, tajemnicze istoty wyglądające jak ninja. Gdy bohaterom udaje się ich w końcu pokonać i wykraść część danych, dowiadują się kim był twórca Kory – to profesor Tyron, który na początku współpracował z Franzem Hopperem. Poznają też sekret nadzwyczajnych umiejętności ninjy – okazuje się, że są to awatary sterowane przez ludzi. Do poruszania się po zdradliwym terytorium Kory bohaterowie używają nowego pojazdu zwanego Megapodem. Otrzymują też od Jeremiego nowe bronie i gadżety.