Latem 1994 Hernández został zawodnikiem Monarcas Morelia, którego barwy reprezentował przez kolejne pięć lat, pełniąc rolę kluczowego zawodnika formacji defensywnej. Mimo pewnego miejsca w wyjściowej jedenastce nie potrafił jednak nawiązać do sukcesów drużynowych, które odnosił ze swoim poprzednim zespołem. Jest uznawany za jednego z najbardziej zasłużonych piłkarzy w historii Morelii. W połowie 1999 roku powrócił do CF Monterrey, gdzie przez pierwszy rok był podstawowym graczem ekipy, lecz później stracił miejsce w pierwszym składzie i został relegowany do roli rezerwowego. W lipcu 2001 po raz kolejny podpisał umowę z Monarcas Morelia, w którego barwach spędził następne dwanaście miesięcy jako rezerwowy i nie zanotował żadnego większego osiągnięcia. Profesjonalną karierę zdecydował się zakończyć w wieku 35 lat.
Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Hernández rozpoczął pracę jako szkoleniowiec, znajdując zatrudnienie w klubie klub Monarcas Morelia, w którym spędził większość swojej przygody z piłką. W 2006 roku został w nim asystentem trenera Hugo Hernándeza, a później współpracował jeszcze na tym stanowisku z Marco Antonio Figueroą. Wiosną 2007 prowadził za to drugoligowe rezerwy klubu.