Jego przekonania nie mogły pozostać niezauważone przez hitlerowskie władze i wkrótce (w 1935) pozbawiony został urzędowo prawa do nauczania. Stworzył wówczas półlegalne seminarium duchowne, które prowadził w Finkenwalde (dziś Zdroje, dzielnica Szczecina). Wspólnota ta stała w całkowitej opozycji do ówczesnego oficjalnego luteranizmu niemieckiego, popierającego nazizm i realizującego jego ideologię.
Bonhoeffer nie tylko pragnął swobody głoszenia Ewangelii, lecz także gotów był zaryzykować życie, sprzeciwiając się Hitlerowi i pomagając Żydom w ucieczkach. Twierdził, że „Kościół tylko wtedy staje się Kościołem, kiedy istnieje dla tych, którzy pozostają poza nim”, i postulował „bezwarunkową powinność Kościoła wobec ofiar każdego systemu społecznego, nawet jeżeli nie należą do wspólnoty chrześcijańskiej”.
Wspólnota została zlikwidowana przez gestapo w 1937, a próba wznowienia działalności w okolicy Koszalina zakończyła się rok później aresztowaniami niektórych jej uczestników. Bonhoeffer pod koniec 1938 nawiązał kontakt z opozycyjnie wobec nazizmu nastawionymi oficerami armii niemieckiej, utrzymując stałe kontakty z Kościołami zagranicznymi.