Rafał Magryś jest twórcą i wieloletnim kierownikiem projektu Zintegrowanego Systemu Informacji Archiwalnej (ZoSIA) – zaawansowanej aplikacji przeznaczonej dla archiwów państwowych oraz instytucji posiadających materiały archiwalne, dzięki której po raz pierwszy w Polsce zaczęto na masową skalę udostępniać online skany zbiorów archiwalnych na platformie www.szukajwarchiwach.pl (w marcu 2013 roku ponad 5 milionów stron udostępnionych dokumentów). Był także kierownikiem projektu www.audiovis.nac.gov.pl – platformy udostępniania online fotografii ze zbiorów Narodowego Archiwum Cyfrowego (do końca 2012 roku ok. 200 tysięcy udostępnionych fotografii).
Pełnił rolę eksperta w europejskich projektach związanych z digitalizacją i informatyzacją archiwów. Był m.in., ekspertem technicznym programów: EURIDICE, CALIMERA, Archives Portal Europe pod auspicjami Komisji Europejskiej oraz grupy roboczej przy Zespole ds. Digitalizacji MKiDN. Organizator szkoleń, warsztatów i konferencji z dziedziny archiwistyki cyfrowej i digitalizacji, m.in. pierwszych w Polsce warsztatów digitalizacji materiałów archiwalnych. Jest również twórcą Internetowego Forum Archiwalnego IFAR.
Laureat nagrody Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych dla najlepszego polskiego archiwisty za rok 2004.