13 marca 1922 został aresztowany i oskarżony o czynne sprzeciwianie się akcji konfiskaty kosztowności cerkiewnych; w tym samym roku pod tym samym zarzutem aresztowany został metropolita piotrogrodzki i gdowski Beniamin i cała grupa innych duchownych i świeckich. W lipcu 1922 został skazany na trzy lata więzienia. Karę odbywał w więzieniu przy ul. Szpalernej w Petersburgu, został zwolniony przedterminowo w 1923. Po zwolnieniu złożył wieczyste śluby mnisze w Ławrze św. Aleksandra Newskiego, przyjmując imię mnisze Aleksander. Już w roku następnym został aresztowany po raz drugi, oskarżony o nakłanianie mnichów monasteru do niepłacenia czynszu i skazany na dwa lata łagru. Karę odbywał w obozie w dawnym Monasterze Sołowieckim. Zwolniony w czerwcu 1925, został zesłany do Niżnego Nowogrodu, gdzie zamieszkał w Pieczerskim Monasterze Wniebowstąpienia Pańskiego. W monasterze zajął się pisaniem tekstów teologicznych, które zostały mu odebrane i zniszczone w czasie kolejnego aresztowania. W 1927 został skazany na trzyletnią zsyłkę do Permu. W Permie miał możliwość prowadzenia działalności duszpasterskiej w cerkwi św. Mikołaja. W 1927 lub 1928 otrzymał godność archimandryty. W 1928 w Permie został oskarżony o prowadzenie agitacji antyradzieckiej i skazany na trzy lata łagrów. Karę odbywał przy budowie Kanału Białomorskiego.