Jesienią tego samego roku w łonie organizacji dominował już pogląd, że pretensje ormiańskie wobec Górskiego Karabachu są tak silne i zyskują na tyle poważne poparcie władz, że Azerowie nie mogą biernie przyglądać się rozwojowi wydarzeń.
W końcu roku Ludowy Front Azerbejdżanu zorganizował manifestacje nad Araksem, w czasie których demonstrowano solidarność Azerów żyjących w ZSRR i w Iranie. W czasie wystąpień działacze Frontu głosili nacjonalistyczne hasła, w szczególności domagali się zjednoczenia wszystkich Azerów w jednym państwie. Hasła takie podjęli nawet niektórzy działacze komunistyczni. Równocześnie aktywistów Frontu coraz wyraźniej dzieliły podstawowe kwestie programowe, w tym kwestia ustroju przyszłego niepodległego Azerbejdżanu i pozycja religii muzułmańskiej w państwie. Na III konferencji Frontu w styczniu 1990 na tym tle doszło do rozłamu w organizacji. Większość zyskali przeciwnicy demokracji na wzór zachodni, co skłoniło umiarkowanych działaczy organizacji do jej opuszczenia (z ich inicjatywy powstała następnie Azerbejdżańska Partia Socjaldemokratyczna). W tym samym miesiącu, dowiedziawszy się o intensyfikacji ormiańskich działań na rzecz przyłączenia Górskiego Karabachu, Front skierował swoje formacje ochotnicze na odcinek Gandża-Chanłar.