został wybrany jako poseł do Reichstagu.
II wojna światowa 26 października 1939 został powołany na stanowisko gubernatora dystryktu warszawskiego Generalnego Gubernatorstwa. Stanowisko to zajmował aż do wycofania się wojsk niemieckich z Warszawy w styczniu 1945. 9 listopada 1939 został awansowany na stopień Brigadeführera, a 26 października 1940 na stopień Gruppenführera. W kwietniu i maju 1943 pełnił także obowiązki gubernatora dystryktu lubelskiego.
Fischer, jako gubernator dystryktu warszawskiego, dopuścił się licznych zbrodni na ludności zarówno polskiej, jak i żydowskiej. Wydał m.in. zarządzenie o utworzeniu getta warszawskiego i inne zarządzenia dyskryminujące Żydów. Brał udział także w likwidacji samego getta. Był współodpowiedzialny za terror stosowany wobec cywilnej ludności polskiej, w tym za masowe egzekucje, łapanki i deportacje robotników przymusowych do Rzeszy. Podczas pobytu na terenie Polski mieszkał w pałacyku „Mon Plaisir” w podwarszawskiej Falenicy.