Jednocześnie Eicke coraz większą uwagę zaczął poświęcać oddziałom wartowniczym – tzw. „Trupim Główkom” (SS „Totenkopfverbände”). Rychło opanowała go idea, by uczynić z nich najbardziej elitarną część SS. Wykorzystując swe wpływy na szczytach SS rozpoczął intensywną rekrutację do SS „Totenkopfverbände” i skuteczne wysiłki na rzecz zdobycia dla nich jak najlepszego wyposażenia. Objął również osobistą pieczę nad szkoleniem rekrutów starając się uczynić z nich nie tylko najbardziej elitarną, ale też najbardziej fanatyczną formację w SS. Jego wysiłki przyniosły sukces i we wrześniu 1939 r. SS „Totenkopfverbände” liczyły już ok. 24 tys. ludzi, zorganizowanych w trzy pułki.
Sam Eicke, mimo że zaszedł wysoko w nazistowskiej hierarchii, nie był zbyt lubiany na szczytach władzy. Jego konfliktowy charakter, podejrzliwość, olbrzymie ambicje i przeczulenie na punkcie swej niezależności przysporzyły mu wielu wrogów, z których najsilniejszym był szef SD Reinhard Heydrich. Prości SS-mani natomiast szanowali go i bali się jak ognia jednocześnie.