Kariera Eickego w SS przebiegała w błyskawicznym tempie, gdyż jego energia, oddanie i niebywałe zdolności organizacyjne zwróciły nań uwagę Heinricha Himmlera. Już w listopadzie 1931 r. Eicke uzyskał awans do stopnia SS-Standartenführera i stanowisko dowódcy 10. pułku SS w Nadrenii-Palatynacie.
Służba w „Sztafetach Ochronnych” sprowadziła jednak na Eickego wiele kłopotów. Najpierw z powodu zaniedbywania obowiązków zwolniono go z pracy w zakładach I.G. Farben. W marcu 1932 roku natomiast został aresztowany przez policję i skazany na dwa lata więzienia za nielegalne posiadanie materiałów wybuchowych i przygotowywanie serii zamachów terrorystycznych oraz zabójstw politycznych w Bawarii. Interwencja sprzyjającego nazistom bawarskiego ministra sprawiedliwości doprowadziła jednak do odroczenia wykonania wyroku, a Eicke na rozkaz Himmlera opuścił Niemcy i uciekł do faszystowskich Włoch. Pozostawał tam aż do momentu przejęcia władzy przez Hitlera.