Klasztor Budowa kościoła najprawdopodobniej rozpoczęła się w drugiej połowie VI wieku naszej ery. Najwcześniejsza z 4 mozaik pochodzi z lat 605/607, na posadzce nawy prowadzącej do jaskini. Najpóźniejsza z 4 mozaik pochodzi z okresu renowacji bazyliki w 691 roku. Pojawiają się na niej napisy: „święte miejsce” (agios topos) oraz „Locie, módl się za nami”, odnoszące się do jego biblijnej historii. Data tej renowacji jest istotna, ponieważ jest to już okres dynastii Umajjadów, w czasie którego chrześcijanie na Bliskim Wschodzie cieszyli się tolerancją religijną. Jeszcze w pierwszych latach XII wieku do jaskini docierali pielgrzymi z Europy. Świątynia została najprawdopodobniej opuszczona bez związku z jakimikolwiek gwałtownymi wydarzeniami. Później zapewne zawaliła się w wyniku któregoś z trzęsień ziemi. Możliwe jednak, że klasztor został opuszczony już w VIII wieku.

Bazylika była trójnawową budowlą z półokrągłym prezbiterium. U szczytu lewej nawy jest wejście do jaskini. Po południowej stronie kościoła znajdował się wielki zbiornik na wodę. Po północnej – refektarz, pokoje gościnne dla pielgrzymów i kaplica pogrzebowa.